根据国家税务总局的《货物运输业营业税征收管理试行办法》、《运输发票增值税抵扣管理试行办法》的规定，现制定公路、内河货物运输发票（以下简称：货物运输发票）管理的流程与实施方案。
一、概述
实施货物运输发票管理的基本思路是“手工采集、网络传输、电脑比对”。
由于货物运输发票票量较大，各级税务机关应当积极运用信息化的手段，以方便纳税人，提高工作效率。使用信息化手段辅助管理的原则为“从实际出发，分步实施”。
（一）国税局、地税局主管税务机关采集
地税局主管税务机关负责《地税机关代开货物运输发票汇总清单》的录入，接收自开票纳税人报送的《自开票纳税人货物运输发票汇总清单》和代开票中介机构报送的《代开票中介货物运输发票汇总清单》。汇总货物运输发票信息，并按规定时间做好数据传递工作。
国税局主管税务机关负责接收增值税一般纳税人报送的《增值税运输发票抵扣清单》的电子信息，并按规定时间做好数据上传工作。
各地采集的发票信息，无论是在税务局端还是在纳税人端，其格式必须满足总局规定的接口标准。
（二）数据传输
1.国税局、地税局同级信息交换
地方税务局根据自身网络分布和数据集中情况，在货物运输发票清单信息的汇总与传输时，可选择以下三种基本模式。一是全省无统一网络，或是有统一的网络，但是数据（包括货物运输发票清单采集的数据）采集和处理集中在区县处理，流程示意图见附图1，简称模式一；二是地市级有统一的网络，而且数据（包括货物运输发票采集的数据）采集和处理直接集中在地市级处理，流程示意图见附图2，简称模式二；三是全省（或直辖市、计划单列市）网络条件较好，而且数据（包括货物运输发票采集的数据）采集和处理直接集中在省级（或直辖市、计划单列市）处理，流程示意图见附图3，简称模式三。对于数据还未集中到区县的情况，各地应将采集的数据先自行集中到区县，再视同数据在区县的情况传输数据。
各省级地方税务局应结合自身网络和数据分布状况，与省级国家税务局协商确定省内信息交换的对应双方单位，并上报总局备案。原则上，各省国税局、地税局信息交换地层级应选择附图所示的三种模式之一。这种传输对应关系确定后，不能随意更改。有条件的省市，应尽量提高传输层级。
对于国税局、地税局在区县级同级交换信息的情况，每月20日前，由地方税务局将汇总的货物运输发票清单的信息传递给国家税务局。
对于国税局、地税局在地市级同级交换信息的情况，每月22日前，由地方税务局将汇总的货物运输发票清单的信息传递给国家税务局。
对于国税局、地税局在省级同级交换信息的情况，每月22日前，由地方税务局将汇总的货物运输发票清单的信息传递给国家税务局。
2.国税局数据上传
区县级国家税务局将地方税务局传来的货物运输发票汇总清单和汇总的增值税运输发票抵扣清单在当月22日前直接上传至省级国家税务局，并将该区县级税务局名称和上传时间等信息报地市级国家税务局备查。
对于国税局、地税局在地市级交换信息的情况，地市级国家税务局将地方税务局传来的货物运输发票汇总清单和汇总的增值税运输发票抵扣清单在当月22日前上传至省级国家税务局。
省级国家税务局于每月23日开始对各地上传数据进行提取、清分，并将跨省增值税运输发票抵扣清单和货物运输发票汇总清单数据上传总局。
（三）省级国家税务局和总局进行比对
省级国家税务局每月进行本省发票的比对。总局每月进行全国发票信息的比对。
（四）比对结果处理总局比对结果相符和不符的发票信息，按照上传路径回传到相应的省级国税局（具体传输规则另行制订）。
各省级国家税务局在省级存储的申请抵扣的运输发票的比对结果（包括总局下发的比对相符和不符的发票信息），各单位可以按照权限查询或下载。凡属比对不符的，由主管国税局追回抵扣税款。凡接收地税局发票信息的省、市、县级国税局均应将相应的信息用递送软盘或网络传输方式回传到相应的地税局。
在总局比对结果不符的发票信息，由总局稽查局查处。省内比对结果不符的申请抵扣的发票信息由省级国税局稽查局查处；同时省级国家税务局将不符申请报税的发票信息传递给省级地方税务局，由省级地税局稽查局查处。
（五）为便于各地抓好落实工作，对上述各环节各部门的工作任务进行了归纳整理，制订了《货物运输发票管理流程工作一览表》（见附表）。
二、发票信息采集
在运输发票信息的采集、传输、比对的流程中，采集是整个流程的开始。信息采集的数据质量直接关系到整个运输发票管理工作的质量，同时由于信息的采集还涉及到对纳税人的要求，因此，运输发票数据采集工作必须要在加强管理的基础上，借助信息化手段，并针对不同的情况采用不同的采集方式才能达到加强管理的目的，为后期的传输、比对处理做好准备。各国税局、地税局主管税务机关应辅导并督促纳税人按照总局相关办法的规定如实填写相关表证单书。
对于运输发票的开具方和抵扣方的数据采集，总局提供货物运输发票信息录入软件。各地可以在总局技术支持网站（http://130.9.1.248）和总局因特网站（http://chinatax.gov.cn）下载使用。
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