《国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税管理办法》（国家税务总局公告2012年第24号）规定，对生产企业已申报办理免抵退税的出口货物，如果跨年度发生退运，或者跨年度依照规定应当适用免征增值税政策，或者跨年度依照规定应当适用征收增值税政策，生产企业应当依照规定补缴免抵退税额。由于适用政策不同，其相应会计处理也各不相同。
生产企业退运，补缴免抵退税额的处理
生产企业出口货物跨年度发生退关退运，如果出口货物已申报办理免抵退税的，应当依照规定补缴已办理免抵退税额。对补缴的免抵退税额不得计入营业成本，应当红字贷记“应交税费——应交增值税（出口退税）”科目，贷记“银行存款”等科目，相当于列作进项税额予以抵扣；同时将免抵退税不得免征和抵扣税额从成本中转回，红字借记“以前年度损益调整”科目，红字贷记“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”科目。
例1，某纺织公司属于可以出口退（免）税申报后提供出口收汇核销单的生产企业，具有增值税一般纳税人资格。2011年10月，公司以一般贸易方式出口棉布一批，出口离岸价5130002.96元，征税率17%，退税率16%。该笔出口货物当月取得出口报关单退税联和电子信息，公司2011年11月办理免抵退税申报，单证信息齐全，计算免抵退税额820800.47元，其中出口退税420000元、免抵税额400800.47元。2012年3月，公司发生退关退运，主管税务机关通知公司依照规定补缴免抵退税款。
2011年10月出口销售时
借：应收账款 5130002.96
贷：主营业务收入——出口 5130002.96。
2011年10月计算转出不予免征和抵扣税额
借：营业成本 51300.03
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）51300.03。
2011年11月计算办理出口退税和免抵税额
借：其他应收款——应收出口退税 420000
应交税费——应交增值税（出口抵减内销产品应纳税额） 400800.47
贷：应交税费——应交增值税（出口退税）820800.47。
2012年3月退运冲减出口销售
借：应收账款-5130002.96
贷：以前年度损益调整 -5130002.96。
同时冲减出口销售成本，会计处理略。
2012年3月转回不予免征和抵扣税额
借：以前年度损益调整-51300.03
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）-51300.03。
2012年3月补缴免抵退税额
应补缴免抵退税额＝5130002.96×16%＝820800.47（元）
借：应交税费——应交增值税（出口退税） 820800.47
贷：银行存款 820800.47。
对退运的出口销售额，生产企业应在增值税申报表上用负数填写第七栏“免抵退办法出口货物销售额”；对补缴的免抵退税额，生产企业应当用负数填列第十五栏“免抵退货物应退税额”；对转回的免抵退税不得免征和抵扣税额，生产企业应当用负数填列在增值税纳税申报表附列资料（表二本期进项税额明细）第十八栏“免抵退税办法出口货物不得抵扣进项税额”。
生产企业出口货物由于适用免征增值税政策而补缴免抵退税额的处理
生产企业已申报办理出口退（免）税的货物跨年度按照规定可以适用免征增值税政策的，应当依照规定全额补缴免抵退税额。对于补缴的免抵退税额应当如何处理？
第一种办法，生产企业应当将补缴的免抵退税额红字贷记“应交税费——应交增值税（出口退税）”科目，贷记“银行存款”等科目；同时按照当期免税出口销售额计算划分转出相应进项税额，虽然补缴免抵退税额符合哪里来哪里去的会计处理要求，但是免抵退税额红字记入“应交增值税（出口退税）”科目贷方，实质上就列作了进项税额予以抵扣，这不符合出口免税不得抵扣进项税额的原则，同时当期出口货物相应进项税额（即补缴的免抵退税额）不属于不可划分的进项税额，不应当适用计算划分转出进项税额办法。
第二种办法，生产企业应当将补缴的免抵退税额红字贷记“应交税费——应交增值税（出口退税）”科目，贷记“银行存款”等科目，这属于出口免税货物直接可区分的进项税额，应当直接作进项转出处理，借记“以前年度损益调整”科目，贷记 “应交税费——应交增值税（进项税额转出）”科目。从简便出发，生产企业出口货物适用免税政策，其补缴的免抵退税额应当直接计入成本，不得红字贷记“应交税费——应交增值税（出口退税）”科目。
笔者赞同第二种办法。
例2，某纺织公司属于可以出口退（免）税申报后提供出口收汇核销单的生产企业，具有增值税一般纳税人资格。2011年10月，公司以一般贸易方式出口棉布一批，出口离岸价5130002.96元，征税率17%，退税率16%。该笔出口货物当月取得出口报关单退税联和电子信息，公司2011年11月办理免抵退税申报，单证信息齐全，计算免抵退税额820800.47元，其中出口退税420000元、免抵税额400800.47元。2012年7月，公司仍然未收汇核销，不能提供出口收汇核销单，依照规定公司可以适用免征增值税政策。因而公司2012年8月办理出口货物免税申报手续，同时依照规定补缴已办理的免抵退税额。
2012年8月补缴免抵退税额
借：应交税费——应交增值税（出口退税） 820800.47
贷：银行存款 820800.47。
由于适用免征增值税政策，将补缴的免抵退税额计入营业成本
借：以前年度损益调整820800.47
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）820800.47。
值得注意的是，由于出口货物适用免征增值税政策，因而其免抵退税不得免征和抵扣税额不得再从成本中转回。
对适用免征增值税政策的出口销售额，生产企业应在增值税申报表上用负数填写第七栏“免抵退办法出口货物销售额”，同时在第八栏“免税货物及劳务销售额”和第九栏“ 其中：免税货物销售额”填写；对补缴的免抵退税额，生产企业应当用负数填列第十五栏“免抵退货物应退税额”；对计入成本的补缴免抵退税额，由于没有直接对应的栏目，因而生产企业可以填列在增值税纳税申报表附列资料（表二本期进项税额明细）第十四栏“免税货物用”。
生产企业出口货物由于适用征收增值税政策而补缴免抵退税额的处理
生产企业已申报办理退（免）税的出口货物，跨年度依照规定应当适用征收增值税政策而补缴免抵退税额的，生产企业应当按照补缴的免抵退税额红字贷记“应交税费——应交增值税（出口退税）”科目，贷记“银行存款”等科目；将以前申报的免抵退税不得免征和抵扣税额冲回，贷记“以前年度损益”等科目，红字贷记“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”科目；计提销项税额，借记“以前年度损益”等科目，贷记“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目。
例3，某纺织公司属于可以出口退（免）税申报后提供出口收汇核销单的生产企业，具有增值税一般纳税人资格。2011年10月，公司以一般贸易方式出口棉布一批，出口离岸价5130002.96元，征税率17%，退税率16%。该笔出口货物当月取得出口报关单退税联和电子信息，公司2011年11月办理免抵退税申报，单证信息齐全，计算免抵退税额820800.47元，其中出口退税420000元、免抵税额400800.47元。2012年7月，公司仍然未收汇核销，不能提供出口收汇核销单，公司2012年8月未办理出口货物免税申报手续，因此2012年9月公司这笔出口货物依照规定应当适用征收增值税政策，同时依照规定补缴已办理的免抵退税额。
2012年9月适用征收增值税政策计提销项税额
销项税额＝5130002.96÷（1＋17%）×17%＝745385.05（元）。
借：以前年度损益调整745385.05
贷：应交税费——应交增值税（销项税额）745385.05。
2012年9月补缴免抵退税额
借：应交税费——应交增值税（出口退税） 820800.47
贷：银行存款820800.47。
2012年9月将免抵退税不得免征和抵扣税额从成本中转回
借：以前年度损益调整-51300.03
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）-51300.03。
应纳增值税＝745385.05－820800.47－51300.03＝-126715.45（元），当月该笔出口货物应纳增值税额为零，留抵税额126715.45元。
对适用征收增值税政策的出口销售额，生产企业应在增值税申报表上用负数填写第七栏“免抵退办法出口货物销售额”，同时在第一栏“按适用税率征税货物及劳务销售额”和第二栏“其中：应税货物销售额”填写；对计提的销项税额，生产企业应当在增值税申报表第十一栏“销项税额”栏目填写，同时在增值税纳税申报表附列资料（表一）第三栏“开具普通发票”填写；对补缴的免抵退税额，生产企业应当用负数填列第十五栏“免抵退货物应退税额”；对转回的免抵退税不得免征和抵扣税额，生产企业应当用负数填列在增值税纳税申报表附列资料（表二本期进项税额明细）第十八栏“免抵退税办法出口货物不得抵扣进项税额”。