（一）查补偷税应纳税额的确定
增值税一般纳税人不报、少报销项税额或多报进项税额，均影响增值税的缴纳，是偷税行为。其偷税数额应当按销项税额的不报、少报部分或进项税额的多报部分确定。如果销项、进项均查有偷税问题，其偷税数额应当为两项偷税数额之和。
一般纳税人若采取账外经营，即购销活动均不入账，而造成不缴、少缴增值税的，其偷税数额应按账外经营部分的销项税额抵扣账外经营部分中已销货物进项税额后的余额确定。此时偷税数额为应纳税额。
即：应纳税额＝账外经营部分销项税额－账外经营部分中已销货物进项税额，
已销货物进项税额＝账外经营部分购货的进项税额－账外经营部分存货的进项税额
（二）查补税款金额的确定
一般纳税人发生偷税行为，确定偷税数额补征入库时，其补税数额应根据纳税人不同情况分别处理。即：根据检查核实的一般纳税人与其全部销项税额与进项税额（包括当期留抵扣税额），重新计算当期全部应纳税额。若应纳税额为正数，应当作补税处理；若应纳税额为负数，应按《增值税日常稽查办法》的规定执行。
（三）查补税款的会计处理 增值税经税务机关检查后，应进行相应的会计调整。为此，应设立“应交税金——增值税检查调整”账户。凡检查后应调减账面进项税额或调增销项税额和进项税转出的数额，借记有关账户，贷记本账户；凡检查后应调增账面进项税额或调减销项税额和进项税额转出的数额，借记本账户，贷记有关账户；全部调账事项入账后，应结出本账户的余额，并对该余额进行处理：
1.若余额在借方，全部视同留抵进项税额，按借方余额数，借记“应交税金——应交增值税（进项税额）”账户，贷记本账户。
2.若余额在贷方，且“应交税金——应交增值税”账户无余额，按贷方余额数，借记本账户，贷记“应交税金——未交增值税”账户。
3.若本账户余额在贷方，“应交税金——应交增值税”账户有借方余额且等于或大于这个贷方余额，按贷方余额数，借记本账户，贷记“应交税金——应交增值税”账户。
4.若本账户余额在贷方，“应交税金——应交增值税”账户有借方余额但小于这个贷方余额，应将这两个账户的余额冲出，其差额贷记“应交税金——未交增值税”账户。4.若本账户余额在贷方，“应交税金——应交增值税”账户有借方余额但小于这个贷方余额，应将这两个账户的余额冲出，其差额贷记“应交税金——未交增值税”账户。
[例] 某工业企业为增值税一般纳税人。12月份增值税纳税资料：当期销项税额236000元，当期购进货物的进项税额为247000元。“应交税金——应交增值税”账户的借方余额为11000元。
次年1月15日税务机关对其检查时，发现有如下两笔业务会计处理有误：
1.12月3日，发出产品一批用于捐赠，成本价80000元，无同类产品售价，企业已作如下会计处理：
借：营业外支出 80000http
贷：产成品 80000
2.12月24日，为基建工程购入材料35100元，企业已作如下会计处理：
借：在建工程 30000
应交税金——应交增值税（进项税额）5100
贷：银行存款 35100
针对上述问题，应作查补税款的会计处理：
1.对查出的问题进行会计调整。
（1）企业对外捐赠产品，应视同销售，计算销项税额，无同类产品售价的，按组成计税价格计算。企业按成本价直接冲减产成品，但未计算销项税额，属偷税行为。
销项税额＝80000×（1＋10％）×17％＝14960（元）
据此，应调账如下：
借：营业外支出 14960
贷：应交税金——增值税检查调整 14960
（2）企业用于非应税项目的购进货物，其进项税额不得抵扣，企业这种多报进项税额行为，属偷税行为。
据此，应调账如下：
借：在建工程 5100
贷：应交税金——增值税检查调整 5100
2.确定企业偷税数额。
份税数额＝不报销项税额＋多报进项税额＝14960＋5100＝20060（元）
3.确定应补交税额。
当期应补税额＝236000－247000＋20060＝9060（元）
4.进行会计处理。
借：应交税金——增值税检查调整 20060
贷：应交税金——未交增值税 9060
——应交增值税 11000http
补交税款入库时：
借：应交税金——未交增值税 9060
贷：银行存款 9060
从此例可见，企业的偷税数额，不一定等于补税数额
[例] 某商业企业为增值税一般纳税人，12月份增值税纳税资料：当期销项税额50000元，当期进项税额35000元，当期已纳增值税15000元。次年年初税务机关检查时，发现如下两笔业务未作会计处理：
1.12月2日，企业购入商品100件，取得了增值税专用发票，注明：价款50000元，税款8500元，但未作任何会计处理。
2.12月21日，企业又将上述购入商品出售45件，取得现金35100元，也未作任何会计处理。
经税务人员检查核实，认定企业在搞账外经营。偷税数额如下：
已销货物进项税额＝账外经营部分购货的进项税额－账外经营部分存货的进项税额＝8500－8500×55％＝3825（元）
应纳税额＝账外经营部分销项税额－账外经营部分中已销货物的进项税额 ＝5100－3825＝1275（元）
由于企业当期正常的增值税税额核算已经结束，此笔应纳税额1275元，既是偷税数额，又是补税数额（会计处理略）。