《财政违法行为处罚处分条例》对1987年发布的《国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》进行了全面修订，共35条，从第三条至第十九条共列举了17类58项违法行为( 包括每一条最后一项的“其他”行为)，《条例》与有关法律、行政法规在处理、处罚、处分的规定上作了衔接。
增加的财政违法行为
《处罚处分条例》总共增加了37项财政违法行为（不包括每一条最后一项的“其他”行为）。这部分的详细内容可参 2005年第3期《中国审计》第66页至第68页。
明确规定单位和个人私存私放公款的法律责任
《处罚处分条例》第十七条对单位和个人私存私放公款的行为作出规定。以私存私放公款的提法代替了沿用多年的“小金库”的提法，并且重在对单位责任人员的处分（最高可撤职），不重在罚款（对单位最高罚款5万元，对责任人员最高罚款2万元，这与财监字[199529号文、国办发[199529号文关于最高罚款2倍及原《 处罚规定 》最高罚款5倍的规定明显不同）。对非公务员的处分，参照《条例》规定的处分档次执行。需要说明的是，对于私存私放公款的行为，若有关法律另有规定的，则依照有关法律的规定执行。如根据商业银行法第七十九条的规定，对“将单位的资金以个人名义开立账户存储的”行为，应“没收违法所得，违法所得五万元以上的，并处违法所得一倍以上五倍以下罚款；没有违法所得或者违法所得不足五万元的，处五万元以上五十万元以下罚款”另外，《公司法》第二百一十一条也有规定。
对于中国共产党员，还应当按照《中国共产党纪律处分条例》第一百二十三条的规定给予党纪处分，该条规定：违反“收支两条线”规定和国库集中收付制度，将应当纳入法定账簿的资产未纳入法定账簿或者转为账外的，追究主要责任者和其他直接责任人员的责任，情节较轻的，给予警告或者严重警告处分；情节较重的，给予撤销党内职务或者留党察看处分；情节严重的，给予开除党籍处分。
进一步明确了国家机关的财政违法行为的法律责任
对国家机关的财政违法行为重在处理和对责任人员的处分，可给予单位警告、通报批评的行政处罚，一般不罚款(但不是一律不罚款，对违反票据管理规定和私存私放公款的行为就规定了罚款的处罚)。《处罚处分条例》中规定的对责任人员的行政处分大致分为三个档次：一般情况下，给予警告、记过或者记大过；情节较重的，给予降级或者撤职；情节严重的，给予开除处分。对非公务员的处分，《条例》第三十四条规定“参照本条例有关规定执行”。
此外，对事业单位、社会团体，《处罚处分条例》以其行为是否具有经营性质为标准进行划分：无经营活动的事业单位、社会团体及其他组织有财政违法行为的，依照有关国家机关的规定执行；有经营活动的事业单位、社会团体及其他经济组织在经营活动中有财政违法行为的，按照有关企业的规定执行。
删除的内容
《处罚处分条例》删除了原《处罚规定》中关于对国有企业不上交利润、挪用生产性资金用于非生产性支出、扩大开支标准等行为的处罚规定。以后国有企业出现这些问题，如果国有企业国有资产管理等方面的法规有规定，则从其规定。此外《处罚处分条例》还删除了“从重处罚”、“从轻处罚”等规定，这些问题按照《行政处罚法》的规定执行。涉及行政复议、行政诉讼的问题，按《行政复议法》、《行政诉讼法》的规定执行。涉及个人对处分的申诉问题，按照《行政监察法》等规定执行。涉及处理、处罚、处分的程序问题，按照《行政处罚法》、《行政监察法》等法律、行政法规的规定执行。有些不太准确的用词（如“挤占”、“复查”）也予以删除。原《处罚规定》列举的处理、处罚、处分的种类，由于在理解上存在歧义，所以《条例》不再列举，而是直接适用。