企业收取和支付的违约金是单位因违反经济合同，不能履行全部或部分经济合同，依据约定的条款收取或给予对方的一种经济赔偿。在经济活动中，违约金的收付，税法的规定和具体的凭证处理不尽相同。
卖方收取违约金的税务处理
卖方收取违约金，是销售方或提供劳务方向购买方或接受劳务方收取的违约金，一般会被认定为价外费用。
例如，A公司购买B公司货物，合同约定价款100万元，付款期限为货物交付10天内。10天期限内，A公司未按约定付款。50天后，A支付货款100万元，并按合同约定，向B公司支付违约金3万元。此违约金为正向违约金。
根据增值税暂行条例第六条规定，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。
增值税暂行条例实施细则第十二条规定，增值税暂行条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。因此，销售货物单位收取违约金符合“价外费用”时，应同货物一并开具增值税专用发票。
违约金的会计处理
企业收取违约金，属于与企业正常经营活动无直接关系的收入，按会计准则要求，应作为营业外收入处理。同理，支付违约金应作为营业外支出处理。
上述案例中，B公司收取正向违约金3万元，应缴纳增值税。由于增值税是价外税，B公司应缴纳增值税30000÷1.17×17%＝4358.97（万元）。
B公司收取违约金3万元，会计处理为：
借：银行存款 30000
贷：营业外收入 25641.03
应交税费——应交增值税（销项税额） 4358.97。
A公司支付违约金3万元，会计处理为：
借：营业外支出 30000
贷：银行存款 30000。
买方收取违约金的税务处理
买方收取违约金，是购买方或接受劳务方向销售方或提供劳务方收取的违约金，一般会被认定为营业外支出。
例如，A公司购买B公司货物，合同约定价款100万元，付款期限为货物交付10天内。10天期限内，A公司全额付款。50天后，A公司发现了产品质量问题，根据合同约定，由B向A公司支付违约金5万元。
根据增值税相关法规中对价外费用的界定，销售方支付给购买方的违约金，不属于价外费用，不征收增值税。也不属于营业税的征税范围，不应征收营业税。
根据发票管理办法规定，发票是从事生产、经营的企事业单位和个人，以其在销售商品或提供应税劳务及从事其他经营活动时取得的应税收入为对象，向付款方开具的收款凭证。反向违约金，不属于“销售商品或提供应税劳务及从事其他经营活动”，因此，不需要取得发票，必须取得由销售方提供的合法、合理的依据，借此证明和判断赔偿行为的真实存在和进行会计及税务处理，具体的依据包括：法院判决书或调解书，仲裁机构的裁定书，双方签订的合同、协议，收款方开具的收据等。
根据企业所得税法第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。企业所得税法实施条例第三十三条规定，企业所得税法第八条所称其他支出，指除成本、费用、税金、损失外，企业在生产经营活动中发生的与生产经营活动有关的、合理的支出。
因此，由于该质量赔款是由销售方支付购货方，不属于缴纳增值税或营业税的范围，不需要开具发票，但是入账并税前扣除应具备必要的证据以证明该经济行为的真实性。
当然，所有违约金收入均应并入所得额计算企业所得税。
反向违约金的会计处理
上述案例中，A公司收取反向违约金5万元，不应缴纳增值税和营业税。
A公司收取违约金5万元，会计处理为：
借：银行存款 50000
贷：营业外收入 50000。
B公司支付违约金5万元，会计处理为：
借：营业外支出 50000
贷：银行存款 50000。
合同未执行违约金的处理
例如，A公司购买B公司货物，合同约定价款100万元。合同约定期限内，A公司违约不予采购，根据合同约定，A公司向B公司支付违约金5万元。
增值税暂行条例规定，在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。由于B公司未销售货物或者提供应税劳务，所以不是增值税纳税义务人。同时，B公司也没有提供营业税应税劳务，所以不需要缴纳营业税。
再如，A房地产开发企业销售房屋预收定金5万元，按规定缴纳了营业税。后由于对方违约，交易未成功，房地产开发企业没收定金5万元。
根据营业税暂行条例第五条和营业税实施细则第十三条的规定，纳税人取得违约金收入应作为价外费用并入营业额征收营业税。价外费用并入营业额征收营业税，是以纳税人提供营业税应税劳务、转让无形资产或销售不动产为前提的。如果因合同一方违约，纳税人最终没有提供营业税应税劳务、转让无形资产或销售不动产而取得的违约金收入，不征收营业税。
因此，A房地产开发企业可以向税务机关申请退还因销售房屋预收定金5万元缴纳的营业税。相关会计处理为：
A公司收取定金5万元时
借：银行存款 50000
贷：预收账款 50000。
A公司没收定金5万元时
借：预收账款 50000
贷：营业外收入 50000。
B公司支付购房定金5万元时
借：预付账款 50000
贷：银行存款 50000。
B公司定金5万元被没收时
借：营业外支出 50000
贷：预付账款 50000。
支付违约金未取得正规发票也可税前扣除
例如，某公司出租一房产给自然人李某，合同期为2年。但1年后该公司因业务需要收回了该房产，按合同约定，需要支付李某违约金3000元，李某开具了收款证明。该公司提供了李某（自然人）的收款凭据、合同原本以及违约情况说明，可以在税前扣除。
允许扣除的政策依据是企业所得税法第八条的规定，即企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。发票管理办法第三条也规定，本办法所称发票，指在购销商品，提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。
本案例中该公司“支付违约金”这项活动既不属于“购销商品，提供或者接受服务”，又不属于“从事其他经营活动”，但其是“合理的支出”，所以在实际执行中对于能够取得发票的支出，发票作为扣除的依据；对于确实不能取得发票的支出，只要纳税人能够提供支出的合法性其他凭据，例如合同协议、付款证明等，也可作为扣除的依据。
因此，取得收入一方在当年具有纳税义务的，支付一方应当取得发票作为合法扣税凭证在所得税前扣除，取得收入一方在当年没有缴纳流转税义务的，支付方无法取得发票，应该允许以合同协议以及支付凭证在所得税前扣除。
因对方违约，个人取得的违约金可不纳税
例如，某开发商延期交房快1年了，业主申请仲裁，裁定支付业主2万元的违约金，开发商支付违约金时，依据《国家税务总局关于个人取得解除商品房买卖合同违约金征收个人所得税问题的批复》（国税函〔2006〕865号）代扣个人所得税。这是错误的。
国税函〔2006〕865号文件规定，商品房买卖过程中，有的房地产公司因未协调好与按揭银行的合作关系，造成购房人不能按合同约定办妥按揭贷款手续，从而无法缴纳后续房屋价款，致使房屋买卖合同难以继续履行，房地产公司因双方协商解除商品房买卖合同而向购房人支付违约金。根据个人所得税法的有关规定，购房个人因上述原因从房地产公司取得的违约金收入，应按照“其他所得”应税项目缴纳个人所得税，税款由支付违约金的房地产公司代扣代缴。
根据上述规定，个人在购房时由于房产公司的违约而从房产公司取得的违约金或赔偿金，与国税函〔2006〕865号文件所特指的情况一致，应按照“其他所得”应税项目由支付违约金的房地产企业代扣代缴个人所得税。
个人在购房时由于房产公司延期交房或因房屋质量问题而从房产公司取得的违约金或赔偿金，不属于个人所得税法及国税函〔2006〕865号文件规定应纳个人所得税的情形，因此房地产企业不应该代扣代缴个人所得税。
依据个人所得税法及相关规定，个人（自然人）因对方违反经济合同而取得的违约金，属于经济或财产损失的补偿性收入，因此，目前并无明文规定应缴纳个人所得税的违约金，按照行政许可法的立法精神，无须缴纳个人所得税。