实务中，房地产开发企业在项目完工时，不管是否最终办理结算，均会扣留建筑施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金。由于建筑施工企业未能取得这部分工程款，一般也不会开具这部分工程款的票据。在会计核算时，必须遵循权责发生制的原则计提应付未付的质量保证金，借记“开发成本”科目，贷记“应付账款”科目。那么，开发企业提取的质量保证金能否在税前扣除呢？
国家税务总局《关于印发房地产开发经营业务企业所得税处理办法的通知》（国税发[2009]31号）第三十二条针对有关预提（应付）费用在企业所得税税前扣除的问题作出了相应规定，其中两项内容是：
第一，出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10%。
第二，公共配套设施尚未建造或尚未完工的，可按预算造价合理预提建造费用。此类公共配套设施必须符合已在售房合同、协议或广告、模型中明确承诺建造且不可撤销，或按照法律法规规定必须配套建造的条件。
由此可见，开发企业对尚未支付的质量保证金在进行企业所得税方面的纳税筹划时，首先要保证提取质量保证金的及时性和合理性。所谓及时性，是指开发企业应将质量保证金归集到所属年度的开发成本中；所谓合理性，是指开发企业提取的质量保证金的金额，应有对应的经济事实、项目资料作为支撑，例如施工合同、工程预算及进度资料等。其次，开发企业在年度企业所得税汇算清缴时，应注意主管税务机关对上述预提（应付）款项备案方面的管理要求。最后，开发企业应对预提（应付）款项（包括应付未付的质量保证金）与提取当年税前扣除金额、已税前扣除金额及最终开票结算价款不一致的金额作正确的纳税调整，并建立系统的纳税调整台账。
在土地增值税方面，国家税务总局《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）规定，房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。该项规定的意思是，未开具发票的，扣留的质保金所对应的开发成本在土地增值税清算时不得计算扣除。如果房地产开发企业在土地增值税清算时，因未能取得票据而不得计算扣除这部分开发成本，在土地增值税分项目或分期清算、房地产开发项目滚动开发的情况下，开发企业在某项目或某期开发产品土地增值税清算后偿付质保金并取得的票据如何处理呢？是计入下一期的开发成本还是“过期作废”？如果计入下一期开发项目的开发成本，可能影响各期开发成本的真实性，同时为人为调节各期的土地增值额和土地增值率留下了空间，与土地增值税分项、分期清算的目标相违背。如果“过期作废”，则对房地产开发企业有失公平。
针对上述问题，建议开发企业结合开发项目特点进行合理筹划。由于同一地块分期、滚动开发的特点，决定了开发成本结算也会分期、滚动发生，只要前后几期项目中的某一分部工程（如土建、安装、装饰等）是由同一施工企业完成的，那么，开发企业可以将应扣留的已完工的前期工程项目质保金在后一期应结算的工程进度款中扣留，同时与施工企业签订补充合同明确约定，一旦已完工项目存在质量问题，在后一期项目进度款中扣留的质保金将不予支付，进而要求对方将前期已完工工程按结算价款全额开票。至于最后一期开发项目，开发企业在进行施工质量管理和工程价款结算时，应在充分考虑税法的要求，尽可能在土地增值税清算期内取得与全部开发成本相应的合法凭证。