随着国家出台一系列支持农业发展的优惠政策，特别是《农民专业合作社法》颁布实施后，各地农企增加了不少。尽管众多投资人投资农企多数看重的是节税这一诱人之处，但并非只要投资农企就可享受最大限度的税收利益，在实际工作中还应把握好三“要诀”。
合理确定内部单位性质在新兴的农企中，多数是将农产品深加工后再进行销售，这就造成农企内部出现多个不同单位。要想获得最大税收利益，农企应将这些内部单位的性质定性为独立核算的子厂或子公司。
例：A公司是一家涉农企业，内部有农场和面粉加工厂两家单位，农场主要从事小麦种植，面粉加工厂主要从事小麦加工。2007年A公司实现销售面粉1000万元（不含税价格）。在农场与面粉厂均为A公司内部单位的情况下，A公司应缴税款为：增值税=1000×17%=170万元（进项税额在此忽略）。城建税和教育费附加=170×（7%+3%）=17万元。A公司所负担的税款总计187万元（其他税种在此忽略）。
假如农场与面粉加工厂分别成立独立核算的法人，A公司形成集团公司。农场以市场价格假设为450万元，将全部小麦销售给面粉厂。在此情况下农场是自产自销未经过加工的小麦，符合农业生产者自产自销农业产品的条件，可享受免税优惠，其应纳税款为0.面粉厂在购进农场小麦时可计提13%的进项税额，面粉厂应缴增值税为：1000×17%－450×13%=111.5万元。城建税、教育费附加为：111.5×（7%+3%）=11.15（其他税种在此忽略）。此种情况下，A公司所负担的税款总计122.65万元。与农场和面粉厂没有独立核算的情况相比，少缴纳税款64.65万元。
理性选择采购对象农企在选择采购农产品时，多数人认为向一般纳税人采购可取得增值税专用发票，能最大限度抵扣税款。其实自2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品的进项税额扣除率，就由原来的10%提高到13%。因此，农企直接选择向农产品生产者收购，比向一般纳税人收购得到的税收利益要大。
例：B公司准备收购一批玉米，价值10000元。B公司直接向农产品生产者收购，凭收购凭证得到10000×13%=1300元的增值税进项税额。若向一般纳税人收购，凭所取得的增值税专用发票得到10000÷（1+13%）×13%=1150.44元的增值税进项税额。（10000元为含税价格）。
通过对比，发现同样花费10000元，B公司在直接向农产品生产者收购时，可多抵扣近150元的增值税进项税额。
力争成为一般纳税人一些刚创立的农企为节省人员工资等管理费用，往往不去申请一般纳税人资格。从表面看，小规模纳税人比一般纳税人确能节省很多支出，但在税负方面，小规模纳税人却要比一般纳税人高出很多。
例：C公司是一家粮油加工企业，2007年实现销售收入100万元。假设C公司全年实现增值额为10万元，在小规模纳税人情况下，全年需负担税款为100×6%+100×6%×（7%+3%）=6.6万元（只包括增值税、城建税和教育费附加，其他税种在此忽略）。假如C公司申请办理一般纳税人资格，那么全年只需负担10×17%+10×17%×（7%+3%）=1.87万元的税款。
通过比对，在一般纳税人条件下，C公司要少缴纳6.6－1.87=4.73万元的税款。