某县根据省人民政府批准，2009年度执行每月720元的最低工资标准，一吸收残疾人就业企业（符合税法规定享受税收优惠政策的各项条件）全年吸收残疾人就业平均人数为20人，支付工资总额168000元，平均每人每月700元，全年实现应纳增值税税额590000元（假定税款未缴纳，下同），企业因吸收残疾人就业申请退还增值税1036800元（即征即退，下同），经主管税务机关审核发现：企业申请退还的增值税数额虽然低于税法规定可按省级人民政府批准最低工资6倍的标准，但申请的退税额平均每个残疾人已达到51840元（1036800÷20＝51840），不但超过了每人每年35000元最高限额、计算基础超过实际发放平均工资20元（1036800÷6÷20÷12－700＝20），申请的退税总额也超过全年实际实现的增值税税款446800元（1036800－590000＝446800），因此，告知该企业只能申请退还增值税590000元。其计算依据和方法如下：
首先，确定法定应退还增值税的最高限额。
根据《财政部、国家税务总局关于促进残疾人就业税收优惠政策的通知》（财税[2007]92号）第一条第（一）项规定：企业实际安置每位残疾人每年可退还增值税的限额，可由县级以上税务机关根据单位所在区县（含县级市、旗）适用的经省（含自治区、直辖市、计划单列市）级人民政府批准的最低工资标准的6倍确定，但最高不得超过每人每年35000元。因此，该企业全年吸收20名残疾人就业可申请退还的增值税最高限额为35000×20＝700000元。
第二，确定在低于最低工资标准支付工资的情况下应退还增值税的最高限额。
根据财税[2007]92号文件第一条和第九条规定，确定吸收残疾人就业企业实际应退还的增值税税额除受每人每年不超过35000元的限制外，还受按低于最低工资标准支付工资实际支付额的限制，即：当按最低工资标准支付工资额的6倍超过35000元时按35000元确定应退还的最高限额，达不到35000元的按实际达到的数确定最高限额。该企业全年实际支付残疾人的工资总额为168000元，平均每人每月700元，低于省政府批准的最低工资标准20元，但全年平均的6倍为50400元（700×12×6＝50400），大于法定平均每人应退还的最高限额35000元，因此，该企业实际应退还的最高限额仍为700000元（35000×20＝700000）。假设该企业实际支付残疾人年平均工资的6倍小于35000元时，其实际应退还的最高限额就小于700000元了。
第三，确定在实现的增值税应纳税额低于按最低工资标准或低于最低工资标准实际支付额计算的扣除限额时实际应退还的增值税数额。
根据《国家税务总局、民政部、中国残疾人联合会关于促进残疾人就业税收优惠政策征管办法的通知》（国税发[2007]67号）第三条第（一）项规定，本年度应纳税额小于核定的年度退税限额的，以本年度应纳税额为限；本年度应纳税额不足退还的，不得结转以后年度退还。该企业全年实现应纳增值税税额590000元，小于按前述两种方法计算的扣除限额，因此，最终只能退还增值税590000元。
此外，在实际工作中除受上述扣除限额政策的约束外，根据财税[2007]92号文件和国税发[2007]67号文件的有关规定，吸收残疾人就业的企业单位今后在享受这一增值税退税政策时至少应注意两点：
一是实际安置残疾人占单位在职职工总数的平均比例在一个年度内累计三个月未达到要求时将取消次年度享受这一税收优惠政策的资格。
二是如果发现纳税人涉嫌采用签订虚假劳动合同或服务协议、伪造或重复使用残疾人证或残疾人挂名而不实际上岗工作、虚报残疾人安置比例、为残疾人不缴或少缴规定的社会保险、变相向残疾人收回支付的工资等方法骗取税收优惠政策或一证多用、虚构财税[2007]92号文件第五条规定的其他条件时，一经查证属实，其在发生违法违规行为年度内实际享受到的退税款全额追缴入库，在三年内取消享受这一税收优惠政策的资格，并按税收征管法的有关规定予以处罚。