据市工商局介绍，外商投资企业在上海自贸区申请设立时，具体申请流程为:第一，外商投资企业申请设立的，申请人在取得《企业名称预先核准通知书》后，可以访问互联网中国上海门户网站的“试验区投资办事直通车”网页，通过准入导航等栏目查看办理流程及材料清单。
第二，申请人应当进入“负面清单”栏目进行比对，确定所需要填报和提交的备案或审批材料类型，其中经营范围不涉及负面清单中类别的，为自贸区管委会备案的企业；涉及负面清单中类别的，为需要自贸区管委会审批的企业。
第三，在进行互联网“一表申报”时，申请人进入“外商投资企业设立”标签页的“网上申请”栏目进行申请信息填写，申请人填写完成后，网站根据申请人填写的信息自动生成各部门所需提交的表格并可下载打印。
第四，申请人携带“一表申报”系统打印的表格及材料至试验区一口受理窗口现场提交，一口受理窗口统一收取材料并在当日转送各职能部门。
第五即各部门审核(备案)，在收到一口受理材料后，自贸区管委会、工商、质监和税务部门利用政务外网的公网平台进行同步审核或备案，其中，属于自贸区管委会备案的外商投资企业应在4个工作日内完成一口受理的全部流程。
最后，各职能部门审核(备案)完成后，应当将各类证照或结果文书送达一口受理窗口，申请人可在一口受理窗口一次领取。
来源：广州工商注册