自贸区改革，集中体现了市场在资源配置中的决定性作用和更好发挥政府作用的结合，而其核心是制度创新。记者从省自贸办获悉，广东自贸试验区自今年4月22日挂牌运作以来，着力推进制度创新和体制机制改革，取得了初步成效。围绕广东自贸试验区《总体方案》中的重点发展领域，国家相关部门陆续出台了15个配套文件，省市各部门也出台了近20项支持配套文件，营造国际化、市场化、法治化营商环境，大大提高行政效能，激发市场活力。
特别是在提高通关便利化水平方面，广东自贸区通过建立口岸通关快速查验机制，实行“进口提前申报，船边分流验放”、“出口提前申报，卡口分流验放”，使港区进出口货物物流运转时间由之前的2—3天缩短为1天以内，海关通关时效提高50%以上。创新国际转运货物监管模式，实现国际转运货物24小时全天候自助通关，货物转驳时间由之前的1—2天缩短为3—5小时，实现国际中转货物延迟中转，中转货物报关期限从14天延长至3个月。
116.2平方公里的广东自贸区，突破了第一轮上海自贸区的物理围网限制，既没有成例可循，也没有经验可资参考。海关广东分署介绍，目前海关总署25项海关改革措施已全面部署实施或细化，参与改革的企业数量正不断增加，改革效益和红利初步显现。今年前7个月，我国进出口总值13.63万亿元人民币，比去年同期（下同）下降7.3%。广东进出口总值继续位列全国第一，为3.39万亿元，下降1.8%，占进出口总值的24.9%。
与此同时，对应广东自贸区三个片区建设的广州、深圳、拱北直属海关，在海关总署支持广东自贸区措施的政策框架内，牢牢把握各片区的功能定位和市场需求，分别制定了10条、30条和18条细化措施，简化手续，提高效率，降低成本，推动改革取得实实在在的成效。今年第二季度，广州、深圳、拱北海关新增注册企业数分别为1730家、3655家和448家，环比分别增长40.99%、30.02%和16.06%。