“营改增”试点全面推开已有一周多时间，分析人士认为，由于“营改增”涉及到的税收政策和实际操作中的因素较多，最后纳入的四大行业税负变动存在一定不确定性。需要关注的是，多档税率并存、抵扣项目不完整等现状给四大行业推进“营改增”带来诸多要求和挑战。因此，深化增值税改革程序，补充出台相关通知，为“营改增”打好补丁，最大程度减少制度变化对相关行业带来的不利影响，成为下一步相关部门需要考虑的重点。
从建筑业来看，作为劳动密集型行业，人工成本和无法规范取得有效抵扣凭据的零散材料成本的存在造成抵扣困难。据企业反映，行业“营改增”后遇到三大问题：一是增值税发票获取困难，建筑企业在施工过程中所使用的外购材料并不一定都能取得增值税专用发票，施工企业很难快速有效收集、整理增值税发票；二是企业合作会遭遇区域性选择，企业在选择合作对象时会优先考虑易开具增值税发票的税改地区的单位；三是工程造价不易确定，工程施工时不能对进项税额进行准确预算，导致增值税额不同，工程预算造价无法确定。业内人士建议，建筑行业人工成本和零散材料成本的抵扣规定应尽快出台。
从房地产业来看，目前企业面临上游建筑企业税负转嫁风险及下游终端消费环节舆论压力导致的税负转嫁困难等，这对房地产行业的增值税管理提出了挑战。
从生产性服务业来看，一方面对服务型企业特别是酒店行业来说，人工成本往往占比较高，在现行税收政策下企业人工成本基本又无法抵扣，造成企业税负面临上升压力。业内人士建议，通过细化分工，将部分服务外包，在支付该部分成本时其他单位或可提供可抵扣的增值税发票，抵扣进项税额提高或带动毛利率提升。
对于备受关注的物流业，由于此次“营改增”未把房屋租赁费、过路过桥费等占物流企业成本较大比重的费用纳入增值税抵扣范围，中国物流与采购联合会建议，一是随着无车承运人政策推出，抓紧解决个体运输业户开具增值税发票问题，建议利用互联网货运信息平台，开发利用信息平台进行监管和开票的新型征管模式；二是充分发挥物流企业主体责任，允许劳务接受单位(付款方)代开发票，并对其真实性负责。
从金融业来看，根据试点实施办法的相关规定，金融业增值税税收征管规定相对明晰。由于金融业的创新产品层出不穷，即便现阶段，也存在部分产品收入难以准确划定至具体某个类目下进行税收征管。跟随金融产品创新，完善增值税规定是业内人士的普遍建议。
根据金融业企业反映，此次“营改增”还为金融机构带来一些问题亟待解决。一是现行金融业机构管理模式下，收入分散但支出集中而造成的进销项不匹配问题；二是金融业分支机构和网店分布较广，且部分金融业的组织架构存在同一省(直辖市)内跨区域管理的情形，如无法汇总至省级申报缴纳，其内部管理成本和调整成本将存在较大难度；三是金融业交易量庞杂，如采取按网点(或分支机构)分别纳税，则在两周(一般为15天)左右的申报期内，所有网点全部完成业务整理并形成规范的申报缴纳数据，对金融业的人力资源、人员水平要求很高，金融业纳税人的税收成本会有很大增加。与此同时，对于税务主管部门的征管水平也提出了更高的要求。综合上述情形，金融业汇总缴纳增值税的意愿较强。
从上述新增四大行业来看，进一步细化增值税相关规定，确保全行业税负只减不增任重而道远。随着“营改增”税改大幕的拉开，全年减税5000多亿的目标有望实现。预计后续针对消费税、个人所得税的改革方案也有望陆续出台。我国税收体制改革与完善已进入关键时期，未来推进速度及力度值得期待。